Vai al contenuto principale

Piattaforma NGS UniTO

Il sequenziamento di prossima generazione (NGS) è una tecnologia di sequenziamento massivo parallelo che offre un'alta efficienza, flessibilità, scalabilità, accuratezza e velocità. Tra le molte applicazioni di NGS ci sono il rilevamento dei polimorfismi, lo screening delle mutazioni, la metagenomica, il profilo del trascrittoma, l'analisi dei piccoli RNA e degli RNA lunghi non codificanti, il profilo della metilazione e l’accessibilità della cromatina.

La nostra struttura utilizza sequenziatori Illumina di ultima generazione.

Illumina NextSeq 1000

Illumina NextSeq 1000 

Il sequenziatore Illumina NextSeq 1000 è stato acquistato grazie a finanziamento Regione Piemonte – Bando INFRA-P.

Il sequenziatore Illumina NextSeq 1000 utilizza celle a flusso preconfigurate (patterned) che offrono la più alta densità di cluster rispetto a qualsiasi altro sistema NGS sul mercato. Il NextSeq 1000 è dotato di un nuovo sistema ottico di super risoluzione che è ottimizzato per aumentare la luminosità dei cluster, ridurre il cross-talk dei canali e migliorare il rapporto segnale-rumore. Fornisce un output flessibile da 30 Gb fino a 120 Gb. Il NextSeq 1000 può supportare una vasta gamma di applicazioni come il sequenziamento dei piccoli genomi, il sequenziamento dell’intero esoma e il sequenziamento dell'RNA di una singola cellula (single cell RNA-seq).

Maggiori informazioni su NextSeq 1000


Illumina NextSeq 500

Illumina NextSeq 500 

Il sequenziatore Illumina NextSeq 500 è stato acquistato grazie a finanziamento Compagnia di San Paolo.

Il sistema Illumina NextSeq 500 è un sequenziatore da banco con potenza e flessibilità per eseguire applicazioni come il sequenziamento mirato (basato su ampliconi, pannello genico), il sequenziamento degli esomi, il sequenziamento dell’intero trascrittoma, il sequenziamento dell'mRNA e il sequenziamento del metiloma. Ad alto rendimento, possono essere generate fino a 800 milioni di letture paired-end (a 150 bp di lunghezza di lettura) per produrre fino a 120 Gb di dati in 29 ore.

Maggiori informazioni su NextSeq 500 


Illumina MiSeq

Illumina MiSeq 

Il sequenziatore Illumina MiSeq è stato acquistato grazie a finanziamento Compagnia di San Paolo.

Il sistema Illumina MiSeq è un sequenziatore versatile e conveniente per piccoli progetti di sequenziamento. È adatto ad applicazioni quali il resequenziamento mirato, la metagenomica, il sequenziamento dei piccoli genomi, il profilo mirato di espressione genica e molto di più. Il sequenziatore MiSeq consente fino a 15 Gb di output con 25 milioni di letture di sequenziamento e 2 × 300 bp di lunghezza di lettura.

Maggiori informazioni su Illumina MiSeq

Quantificazione e controllo qualità

  • Qubit 4.0
  • TapeStation 4150 Agilent

Frammentazione

  • Bioruptor Pico Diagenode

Server

  • Cluster TERA-X-CLS-013


La TapeStation 4150 Agilent, il Bioruptor Pico Diagenode e il server Cluster TERA-X-CLS-013 sono stati acquistati grazie a finanziamento Regione Piemonte - Bando INFRA-P.

Soluzioni di Genomica

Soluzioni di Genomica

· Whole Genome Sequencing
· Whole Exome Sequencing
· Amplicon Sequencing
· Target Gene Sequencing

Applicazioni e servizi →

Soluzioni di Trascrittomica

Soluzioni di Trascrittomica

· Whole Transcriptome Sequencing
· Poly(A)-RNA Sequencing
· Small RNA Sequencing
· Ultra-Low Input RNA Sequencing
· Single Cell RNA Sequencing

Soluzioni di Epigenomica

Soluzioni di Epigenomica

· Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS)
· Ultra-Low Input WGBS
· Reduced Representation Bisulfite Sequencing
· Chromatin Immunoprecipitation Sequencing
· ATAC-seq

  • Consulenza nel disegno sperimentale
  • Consulenza sulla modalità di preparazione dei campioni da analizzare
  • Consulenza sull’analisi bioinformatica dei dati
  • Analisi dei dati

La piattaforma offre anche la possibilità di usufruire solo di una parte del servizio:

  • Preparazione delle librerie
  • Solo sequencing
  • Utilizzo degli strumenti Illumina con personale di supporto.

  • Consegna del campione (DNA purificato, RNA purificato, cellule, tessuti)
  • Quantificazione e controllo qualità del materiale di partenza (DNA, RNA)
  • Preparazione delle librerie
  • Controllo qualità delle librerie
  • Sequenziamento su piattaforma Illumina
  • Demultiplexing
  • Controllo qualità del sequenziamento

Prof. Salvatore Oliviero

salvatore.oliviero@unito.it
Responsabile della piattaforma

Dr. Francesca Anselmi

francesca.anselmi@unito.it
Personale incaricato della gestione della piattaforma

Dr. Anna Krepelova

anna.krepelova@unito.it
Personale incaricato della gestione della piattaforma


Per informazioni, preventivi e prenotazioni di servizi si prega di contattare il personale incaricato, con il quale si concorda anche la preparazione e la consegna dei campioni.

Per esigenze specifiche di largo utilizzo delle strumentazioni, sono possibili accordi con enti pubblici o privati esterni, regolati da apposita convenzione. In questo caso, la convenzione specifica la tipologia dei servizi offerti e i relativi costi previsti.
I dati acquisiti durante le misure, quando in formato digitale, verranno spediti via posta elettronica o saranno trasferiti su memoria portatile.

Per l’analisi dei dati si prenderanno accordi col personale responsabile volta per volta.

Pubblicazioni scientifiche negli ultimi 5 anni

Del Giudice M, Foster JG, Peirone S, Rissone A, Caizzi L, Gaudino F, Parlato
C, Anselmi F, Arkell R, Guarrera S, Oliviero S, Basso G, Rajan P, Cereda M.
FOXA1 regulates alternative splicing in prostate cancer. Cell Rep. 2022 Sep
27;40(13):111404. doi: 10.1016/j.celrep.2022.111404.
 
Gigliotti CL, Boggio E, Favero F, Incarnato D, Santoro C, Oliviero S, Rojo
JM, Zucchelli S, Persichetti F, Baldanzi G, Dianzani U, Corà D. Specific
transcriptional programs differentiate ICOS from CD28 costimulatory signaling in
human Naïve CD4+ T cells. Front Immunol. 2022 Sep 5;13:915963. doi:
10.3389/fimmu.2022.915963.
 
Astanina E, Doronzo G, Corà D, Neri F, Oliviero S, Genova T, Mussano F,
Middonti E, Vallariello E, Cencioni C, Valdembri D, Serini G, Limana F, Foglio
E, Ballabio A, Bussolino F. The TFEB-TGIF1 axis regulates EMT in mouse
epicardial cells. Nat Commun. 2022 Sep 3;13(1):5191. doi:
10.1038/s41467-022-32855-3.
 
Divisato G, Chiariello AM, Esposito A, Zoppoli P, Zambelli F, Elia MA, Pesole
G, Incarnato D, Passaro F, Piscitelli S, Oliviero S, Nicodemi M, Parisi S, Russo
T. Hmga2 protein loss alters nuclear envelope and 3D chromatin structure. BMC
Biol. 2022 Aug 2;20(1):171. doi: 10.1186/s12915-022-01375-3.
 
Houshmand M, Vitale N, Orso F, Cignetti A, Molineris I, Gaidano V, Sainas S,
Giorgis M, Boschi D, Fava C, Passoni A, Gai M, Geuna M, Sora F, Iurlo A,
Abruzzese E, Breccia M, Mulas O, Caocci G, Castagnetti F, Taverna D, Oliviero S,
Pane F, Lolli ML, Circosta P, Saglio G. Dihydroorotate dehydrogenase inhibition
reveals metabolic vulnerability in chronic myeloid leukemia. Cell Death Dis.
2022 Jun 30;13(6):576. doi: 10.1038/s41419-022-05028-9.
 
Elia I, Realini G, Di Mauro V, Borghi S, Bottoni L, Tornambè S, Vitiello L,
Weiss SJ, Chiariello M, Tamburrini A, Oliviero S, Neri F, Orlandini M, Galvagni
F. SNAI1 is upregulated during muscle regeneration and represses FGF21 and ATF3
expression by directly binding their promoters. FASEB J. 2022 Jul;36(7):e22401.
doi: 10.1096/fj.202200215R.
 
Avalle L, Raggi L, Monteleone E, Savino A, Viavattene D, Statello L, Camperi
A, Stabile SA, Salemme V, De Marzo N, Marino F, Guglielmi C, Lobascio A, Zanini
C, Forni M, Incarnato D, Defilippi P, Oliviero S, Poli V. STAT3 induces breast
cancer growth via ANGPTL4, MMP13 and STC1 secretion by cancer associated
fibroblasts. Oncogene. 2022 Mar;41(10):1456-1467. doi:
10.1038/s41388-021-02172-y.
 
 Shafaroudi AM, Sharifi-Zarchi A, Rahmani S, Nafissi N, Mowla SJ, Lauria A,
Oliviero S, Matin MM. Expression and Function of C1orf132 Long-Noncoding
RNA in Breast Cancer Cell Lines and Tissues. Int J Mol Sci. 2021 Jun
23;22(13):6768. doi: 10.3390/ijms22136768.
 
Fujimura Y, Watanabe M, Ohno K, Kobayashi Y, Takashima S, Nakamura H, Kosumi
H, Wang Y, Mai Y, Lauria A, Proserpio V, Ujiie H, Iwata H, Nishie W, Nagayama M,
Oliviero S, Donati G, Shimizu H, Natsuga K. Hair follicle stem cell progeny heal
blisters while pausing skin development. EMBO Rep. 2021 Jul 5;22(7):e50882. doi:
10.15252/embr.202050882.
 
Ho JS, Di Tullio F, Schwarz M, Low D, Incarnato D, Gay F, Tabaglio T, Zhang
J, Wollmann H, Chen L, An O, Chan THM, Hall Hickman A, Zheng S, Roudko V, Chen
S, Karz A, Ahmed M, He HH, Greenbaum BD, Oliviero S, Serresi M, Gargiulo G, Mann
KM, Hernando E, Mulholland D, Marazzi I, Wee DKB, Guccione E. HNRNPM controls
circRNA biogenesis and splicing fidelity to sustain cancer cell fitness. Elife.
2021 Jun 2;10:e59654. doi: 10.7554/eLife.59654.
 
 Morandi E, Manfredonia I, Simon LM, Anselmi F, van Hemert MJ, Oliviero S,
Incarnato D. Genome-scale deconvolution of RNA structure ensembles. Nat Methods.
2021 Mar;18(3):249-252. doi: 10.1038/s41592-021-01075-w.
 
Malavasi F, Faini AC, Morandi F, Castella B, Incarnato D, Oliviero S,
Horenstein AL, Massaia M, van de Donk NWCJ, Richardson PG. Molecular dynamics of
targeting CD38 in multiple myeloma. Br J Haematol. 2021 May;193(3):581-591. doi:
10.1111/bjh.17329.
 
Betto RM, Diamante L, Perrera V, Audano M, Rapelli S, Lauria A, Incarnato D,
Arboit M, Pedretti S, Rigoni G, Guerineau V, Touboul D, Stirparo GG, Lohoff T,
Boroviak T, Grumati P, Soriano ME, Nichols J, Mitro N, Oliviero S, Martello G.
Metabolic control of DNA methylation in naive pluripotent cells. Nat Genet. 2021
Feb;53(2):215-229. doi: 10.1038/s41588-020-00770-2.
 
Bertacchi M, Romano AL, Loubat A, Tran Mau-Them F, Willems M, Faivre L, Khau
van Kien P, Perrin L, Devillard F, Sorlin A, Kuentz P, Philippe C, Garde A, Neri
F, Di Giaimo R, Oliviero S, Cappello S, D'Incerti L, Frassoni C, Studer M. NR2F1
regulates regional progenitor dynamics in the mouse neocortex and cortical
gyrification in BBSOAS patients. EMBO J. 2020 Jul 1;39(13):e104163. doi:
10.15252/embj.2019104163.
 
Di Timoteo G, Dattilo D, Centrón-Broco A, Colantoni A, Guarnacci M, Rossi F,
Incarnato D, Oliviero S, Fatica A, Morlando M, Bozzoni I. Modulation of circRNA
Metabolism by m6A Modification. Cell Rep. 2020 May 12;31(6):107641.
doi: 10.1016/j.celrep.2020.107641.
 
Zorzan I, Pellegrini M, Arboit M, Incarnato D, Maldotti M, Forcato M,
Tagliazucchi GM, Carbognin E, Montagner M, Oliviero S, Martello G. The
transcriptional regulator ZNF398 mediates pluripotency and epithelial character
downstream of TGF-beta in human PSCs. Nat Commun. 2020 May 12;11(1):2364. doi:
10.1038/s41467-020-16205-9.
  
Managò A, Audrito V, Mazzola F, Sorci L, Gaudino F, Gizzi K, Vitale N,
Incarnato D, Minazzato G, Ianniello A, Varriale A, D'Auria S, Mengozzi G,
Politano G, Oliviero S, Raffaelli N, Deaglio S. Extracellular nicotinate
phosphoribosyltransferase binds Toll like receptor 4 and mediates inflammation.
Nat Commun. 2019 Sep 11;10(1):4116. doi: 10.1038/s41467-019-12055-2.
  
Simon LM, Morandi E, Luganini A, Gribaudo G, Martinez-Sobrido L, Turner DH,
Oliviero S, Incarnato D. In vivo analysis of influenza A mRNA secondary
structures identifies critical regulatory motifs. Nucleic Acids Res. 2019 Jul
26;47(13):7003-7017. doi: 10.1093/nar/gkz318.
 
Grassi E, Santoro R, Umbach A, Grosso A, Oliviero S, Neri F, Conti L, Ala U,
Provero P, DiCunto F, Merlo GR. Choice of Alternative Polyadenylation Sites,
Mediated by the RNA-Binding Protein Elavl3, Plays a Role in Differentiation of
Inhibitory Neuronal Progenitors. Front Cell Neurosci. 2019 Jan 10;12:518. doi:
10.3389/fncel.2018.00518.
 
Doronzo G, Astanina E, Corà D, Chiabotto G, Comunanza V, Noghero A, Neri F,
Puliafito A, Primo L, Spampanato C, Settembre C, Ballabio A, Camussi G, Oliviero
S, Bussolino F. TFEB controls vascular development by regulating the
proliferation of endothelial cells. EMBO J. 2019 Feb 1;38(3):e98250. doi:
10.15252/embj.201798250.
  
Brossa A, Papadimitriou E, Collino F, Incarnato D, Oliviero S, Camussi G,
Bussolati B. Role of CD133 Molecule in Wnt Response and Renal Repair. Stem Cells
Transl Med. 2018 Mar;7(3):283-294. doi: 10.1002/sctm.17-0158.

Ultimo aggiornamento: 16/11/2022 15:44
Location: https://www.dbios.unito.it/robots.html
Non cliccare qui!