Vai al contenuto principale
Location: https://www.dbios.unito.it/robots.html
Location: https://www.dbios.unito.it/robots.html

Piattaforma Analisi Genomica


La piattaforma di analisi genomica offre un servizio di sequenziamento mediante Next Generation Sequencing (NGS) in Open access dell’Università di Torino per utenti interni ed esterni.

Presso la piattaforma è possibile effettuare le seguenti analisi:
• RNA-seq Single read (50bp, 15mln reads)
Paired end (2x50bp, 50mln reads, minimo 6 campioni)
• Single-cell RNA-seq
• smallRNA-seq
• ChIP-seq
• targeted re-sequencing
• sequenziamento di ampliconi
• sequenziamento di pannelli di geni
• sequenziamento di esomi
• sequenziamento di genomi (virus, batteri, etc)
• Bisulfite-sequencing (WGBS, RRBS)
• Custom-sequencing

Sequenziatori

geno2.png
NextSeq500 è un sequenziatore di ultima generazione in grado di sequenziare da un minimo di 16 Gb fino ad un massimo di 120 Gb con “reads” di 75 o 150 paia di basi.

geno3.jpg
MiSeq è un sequenziatore di minori dimensioni molto versatile. Con questo strumento si può sequenziare da un minimo di 500 Mb ad un massimo di 15 Gb con “reads” di 25, 75, 150, 250 e 300 basi.

 

Utenza

Il laboratorio è disponibile per diverse tipologie di utenza, secondo lo schema seguente:
• Utenza Dipartimenti e Centri Interdipartimentali dell’Università di Torino
• Utenza di soggetti pubblici e privati con cui gli afferenti dei Dipartimenti dell’Università di Torino hanno in atto collaborazioni che prevedono l’utilizzo di analisi genomiche
• Utenza di soggetti pubblici e privati esterni all’Università di Torino

geno1.jpg

Modalità di svolgimento attività:

• quantificazione materiale di partenza
• controllo qualità materiale di partenza
• generazione di genoteche di cDNA
• controllo qualità genoteche
• sequenziamento massivo in parallelo su piattaforma Illumina
• demultiplexing
• controllo qualità sequenziamento.
La piattaforma offre anche la possibilità di usufruire solo di una parte del servizio:
• Generazione genoteche
• Solo sequencing
• Utilizzo degli strumenti Illumina con personale di supporto

La piattaforma offre inoltre i seguenti servizi:
• Consulenza nel disegno sperimentale
• Consulenza sulla modalità di preparazione dei campioni da analizzare
• Consulenza sull’analisi informatica dei dati
• Data Analysis


Costi e regolamento del servizio:

Per informazioni, richiesta preventivi e prenotazione servizi si prega di contattare il responsabile della piattaforma, Prof. Salvatore Oliviero (salvatore.oliviero@unito.it) e il personale incaricato della gestione delle strumentazioni, Dr.ssa Francesca Anselmi (francesca.anselmi@unito.it), con la quale dovranno essere concordate anche le modalità di preparazione e consegna dei campioni da analizzare.

Per esigenze specifiche di largo utilizzo delle strumentazioni, sono possibili accordi con enti pubblici o privati esterni, regolati da apposita convenzione. In questo caso, la convenzione specifica la tipologia dei servizi offerti ed i relativi costi previsti.

I dati acquisiti durante le misure, quando in formato digitale, verranno spediti via posta elettronica o saranno trasferiti su memoria portatile.
Per l’analisi dei dati si prenderanno accordi col personale responsabile volta per volta.

Per ulteriori informazioni consultare il regolamento di utilizzo del servizio.



 

Ultimo aggiornamento: 18/12/2019 12:21
Location: https://www.dbios.unito.it/robots.html
Non cliccare qui!