I funghi sono fondamentali per il funzionamento degli ecosistemi, sia come organismi a vita libera sia come simbionti di animali e piante. Essi interagiscono in molti modi con i loro ospiti e/o i loro substrati, con i loro competitori (inclusi altri funghi) e con fattori ambientali abiotici. 

Le nostre ricerche sono incentrate su tre principali aspetti dell'ecologia fungina
1) Ecologia delle comunità di funghi del suolo. Il metabarcoding mediante sequenziamento high-throughput è utilizzato per migliorare la comprensione dei fattori che influenzano la composizione e la distribuzione di queste complesse comunità fungine. Ci stiamo concentrando sull'impatto dei cambiamenti climatici globali e del diverso uso dei suoli sulle comunità di funghi micorrizici e saprotrofi.
2) Plasticità delle strategie trofiche fungine. Partecipiamo a un progetto di analisi comparative di genomi e trascrittomi simbiotici di uno spettro di Basidiomiceti e Ascomiceti con diversa posizione filogenetica e ruolo ecologico, per chiarire le basi funzionali della transizione evolutiva tra diversi stili di vita fungini. 
3) Ecologia dei licheni: i) Biodiversità - Biomonitoraggio - Conservazione (indagini floristico-vegetazionali dei popolamenti lichenici in relazione a variazioni ambientali, es. riscaldamento globale, inquinamento dell'aria); ii) Ecofisiologia delle interazioni licheni-ambiente (analisi del biodeterioramento di substrati minerali naturali, artificiali e di rilevanza eco-tossicologica; adattamenti/risposte metaboliche a fattori biotici e abiotici).