Il metabolismo comprende le reazioni chimiche che avvengono all'interno delle cellule per convertire i nutrienti in energia e molecole essenziali per la crescita, il mantenimento e la riproduzione. I microrganismi possiedono vie metaboliche che permettono di scomporre composti organici complessi e di fornire i blocchi di costruzione per generare energia. Il metabolismo delle piante contribuisce alla produzione primaria e alla sintesi di molecole bioattive. Gli organismi aerobi sono impegnati in processi metabolici come la respirazione, il catabolismo (compresi gli xenobiotici) e i processi biosintetici che garantiscono le funzioni fisiologiche.